控制科学与工程学科起源于1997年招生的湖师院物理系应用电子技术专业，目前该学科支撑电气工程及其自动化、机械电子工程等专业人才培养。学科拥有污染场地快速修复技术与装备浙江省工程实验室、湖州市新兴技术研究院、湖州市固废资源再生利用技术及装备重点实验室、环保节能装备协同创新中心、信息与控制技术研究所、模式识别与智能控制科研创新团队等多个省、市、校科研平台。学科成员中有浙江省151人才3人，省高校中青年学科带头人2人，教授10人，副教授12人。学科以人才培养为根本，以服务地方经济为重点，坚持“应用驱动、差别化发展、寻找新突破点”学科发展路径，形成了鲜明特色。现拥有智能系统与控制和智能装备自动化技术两个培养方向，详情请参阅《湖州师范学院电子信息专业硕士（控制工程领域）研究生培养方案》。